Ruang pengolahan bahan pustaka teletak dilantai 1 gedung perpustakaan UIN Sunan Kalijaga melakukan pengolahan bahan perpustakaan yaitu proses kegiatan yang berkaitan dengan perencanaan, pengorganisasian dan pengawasan bahan perpustakaan, yang bertujuan untuk membuat sarana temu kembali dalam sistem katalog.
Sarana tersebut untuk mempermudah pemustaka kembali informasi yang diinginkan secara cepat dan tepat. Proses pengolahan ini meliputi pengatalogan deskriptif, pengindeksan subyek, pemberian nomor panggil yang menunjukkan tempat dokumen dalam susunan bahan dan pemberian perlengkapan fisik bahan perpustakaan.