Perpustakaan Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga Yogyakarta merupakan sumber belajar dan sumber intelektual yang amat penting bagi sivitas akademika terutama dalam mendukung tercapainya program Tri Dharma Perguruan Tinggi. Hal ini sejalan dengan fungsi perpustakaan sebagai sumber dan pusat layanan informasi.
Sejarah terbentuknya Perpustakaan UIN Sunan Kalijaga tidak dapat dipisahkan dengan institusi induknya, yaitu Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN) yang didirikan pada tanggal 26 September 1951 berdasarkan PP No. 34 Tahun 1950. Kemudian pada tanggal 24 Agustus 1960 berdasarkan PP No. 11 Tahun 1960 PTAIN Yogyakarta digabungkan dengan Akademi Dinas Ilmu Agama (ADIA) Jakarta menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN), al-Jami’ah al-Islamiyah al-Hukumiyah, di Yogyakarta. Dalam perkembangannya, IAIN Sunan Kalijaga berubah menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga pada tanggal 14 Oktober 2004 berdasarkan Keputusan Presiden No.50 Tahun 2004.
Sejalan dengan perkembangan sejarah UIN Sunan Kalijaga tersebut, Perpustakaan mengalami peningkatan status, terutama setelah diberlakukannya Keputusan Menteri Agama (KMA) No. 14 Tahun 1988. Berdasarkan aturan ini, status Perpustakaan yang semula secara struktural berada di bawah Sekretaris Institut, berubah menjadi Unit Pelaksana Teknis (UPT) Perpustakaan yang secara struktural berada langsung di bawah Rektor.